قررت هيئة الدفاع عن الشاطر وقيادات الإخوان المحكوم عليهم عسكريا أن تتقدم بالطعن على تلك الأحكام وذلك أمام المحكمة العليا للطعون العسكرية ، وفسرت هيئة الدفاع هذه الخطوة في بيان أصدرته تلقى فريدوم كوست نسخة منه أوضحت فيه أنه لايمكن لا يمكن التخلي عن هؤلاء (المظلومين) نظرا لوجود اعتبارات قانونية تتعلق بقيام القضاء الطبيعي بتبرئتهم، وعدم حصولهم على محاكمة عادلة عقب إحالتهم للقضاء العسكري وهو ما يفرض علينا أن نسلك كل سبيل قانوني من أجل رفع الظلم عنهم وتنفيذ أحكام القانون والقضاء وكذلك للحرص على استقرار المجتمع ودعم المؤسسية من خلال الدفاع عن حكم القانون في مواجهة تلك التجاوزات الصارخة وللتأكيد على الالتزام بالقانون حتى في ظل تطبيقه بطريقة متعسفة إلى درجة تصل إلى حد الانحراف بالسلطة وللتمسك بالحقوق القانونية والدفاع عنها بكل وسيلة مشروعة.

وأكد البيان على أن محاكمة قيادات الإخوان المسلمين لم يحاكموا ويسجنوا إلا لأسباب سياسية وحكم الدستور والقانون منها براء وأن السياسة خذلت العدالة وأهدرت أحكام القانون وأضاف البيان ورغم ذلك فكلها ثقة ويستقر في ضميرها أن ما يجري لن يستمر ما دام في بلادنا قضاء طبيعي عادل وقضاة يريدون تحقيق العدل، كما أكد البيان على استمرار النضال إزاء ما جرى من إحالة المدنيين إلى القضاء العسكري وإصدار أحكام قاسية بحقهم وذلك من أجل تعزيز استقلال السلطة القضائية وانفرادها بمهمة الفصل في المنازعات والخصومات على اعتبار أن القضاء لا يمكن أن يؤدي رسالته في تأكيد سيادة القانون وحماية حقوق الإنسان وكفالة حرية المواطنين إلا باستقلاله.

ودعا البيان المجتمع المدني والقوى الوطنية على اختلاف أطيافها إلى الوقوف معاً من أجل تعزيز استقلال السلطة القضائية وإلغاء النص الغير دستوري الذي يسمح بإحالة المدنيين إلى القضاء العسكري الاستثنائي نظراً لإهداره كل ضمانات المحاكمة المنصفة العادلة وهو ما يتطلب إعادة الاعتبار للعمل المشترك عموما وأسلوب التشبيك على وجه التحديد فيما يتعلق باستقلال السلطة القضائية ووقف الإحالة للقضاء العسكري الاستثنائي ويجعل المطلوب ليس مجرد إصدار بيان مشترك وإنما العمل وفق آلية تنظيمية تسعى من خلالها مؤسسات المجتمع المدني والأحزاب السياسية إلى تنسيق وتعبئة الجهود والمواقف والموارد باتجاه تحقيق تلك الغاية.

وأعرب البيان عن أمله في أن تسعى السلطات إلى تعزيز العدل والحريات وحقوق الإنسان وحكم القانون من خلال التوقف عن استعمال الوسائل القانونية والقضائية تجاه أكبر قوى المعارضة السلمية في البلاد, ونزع ورقة المشروعية عنها رغم أنها تحظى بشرعية اجتماعية واسعة وتعبر عن أحد المكونات الاجتماعية والفكرية الرئيسية في مصر وذلك حسب نص البيان.

كما أوضح البيان أن حضور هيئة الدفاع أما المحكمة العسكرية ليس هدفه المشاركة في مسرحية تهدف إلى إضفاء الشرعية على انتهاك حقوق وحريات وكرامة مواطنين ينتمون لأكبر قوى المعارضة الإصلاحية في البلاد، وتصوير إجراءات وجلسات المحاكمة على أنها محاكمة حقيقية!، وإنما دفاعا عن العدل، واحتراماً للقانون والتزامًا به، في المقام الأول، وتصحيحاً لما سيكتبه التاريخ عن الفترة الانتقالية الراهنة التي تمر بها بلادنا وتشهد أوضاعاً مقلوبة حيث ينزع المعارضون السلميون من أمام قاضيهم الطبيعي ويلقى بالأبرياء في السجون بدون تهم.

كما سرد البيان وقائع البدأ في القضية بدءا من إفراج القضاء الطبيعي عنهم إلى حصولهم على حكم تاريخي من محكمة القضاء الإداري بجلسة بجلسة 8 مايو 2007 بوقف تنفيذ قرار رئيس الجمهورية بإحالتهم إلي القضاء العسكري علي أن ينفذ الحكم بمسودته ودون إعلان.

ووصف البيان الحكم الذي صدر بحق الشاطر وإخوانه من قيادات الجماعة بأنه كان مفاجأة محزنة حيث أنه وبعد مايقرب من عام ونصف من الإجرءات والجلسات صدرت أحكام قاسية وغير عادية بحقهم في 15 إبريل 2008م.